Відлік концертних сезонів Національна філармонія веде від 1863 року, саме тоді засновано Київське відділення Імператорського Російського Музичного Товариства (IPMT). Серед його організаторів – Р.Пфеніг, М.Лисенко, П.Селецький, М.Богданов.
Культурно-мистецький розвиток Києва кінця XIX ст. відбувається на тлі економічного розвитку України. Зростає капітал, з'являються потужні банки. Україна стає бат
ьківщиною цукрових королів, а Київ – великим торгівельним і економічним центром. Заможні люди охоче підтримують мистецтво; будуються церкви, театри, маєтки.
1881 році Рада Старійшин Київського Купецького зібрання одержала дозвіл Київської міської Думи на будівництво кам'яного будинку для свого клубу. Вже через рік – 1882-го – за один будівельний сезон було зведено двоповерховий будинок Купецького зібрання, сучасне приміщення Національної філармонії України.
Будинок має цікаву і різноманітну «біографію». Його було споруджено за проектом відомого київського архітектора Володимира Ніколаєва. Призначався він для зібрань, зокрема культурного дозвілля київських купців, повносилого прошарку суспільства Києва і Київщини у другій половині ХІХ століття. На першому поверсі розташовувалися їдальня, на другому – вітальня, бібліотека, читальня і курилка. Окрасою будівлі була танцювальна зала на 1300 осіб (тепер – Колонний зал ім. М. Лисенка), освітлена трьома великими люстрами й підтримувана стилізованими під білосніжний мармур колонадами вишуканої форми. Зала унікальна за акустичними властивостями. Як подейкували сучасники, зодчий замуровував у шпаринки стеблини очерету за певною схемою, аби стіни давали додаткову вібрацію та унікальний резонанс. Ніколаєв (до речі, він був членом директорату Київського музичного товариства) очевидно добре знав закони акустики і вміло застосовував знання в архітектурному проекті, що використовувався і як концертний зал. Чимало видатних музикантів брали участь у концертах камерної музики в залі Купецького зібрання саме за запрошенням Володимира Ніколаєва. Тут аплодували Петру Чайковському, Ференцу Лісту, Сергію Рахманінову, Олександру Скрябіну та багатьом іншим знаменитостям доби.
Як Клуб Київського купецького зібрання будинок профункціонував до 1919 року. У зв’язку з відомим подіями тут якийсь час розташувався Пролетарський будинок мистецтв, пізніше – Будинок політичної освіти, потім клуб "Більшовик", а в 30-ті роки це був Палац піонерів і жовтенят. Під час німецької окупації тут розмістився так званий німецький офіцерський клуб – Deutsche Haus. 1944 року в колишньому Клубі купецького зібрання відновилися філармонічні концерти.
Кількох серйозних аварій будівля зазнала у 80-і роки. Внаслідок ґрунтових зсувів було зруйновано фундамент, затоплено підвал, де канули в Лету безцінні архіви й нотна бібліотека.
Відкриття відреставрованого й оновленого концертного залу філармонії, яким його знаємо нині, відбулося у грудні 1996 року.
